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如何應(yīng)對(duì)細(xì)胞株系開發(fā)數(shù)據(jù)挑戰(zhàn)
細(xì)胞株開發(fā)是眾多具有重大數(shù)據(jù)挑戰(zhàn)的工作流程之一。與任何篩選過程一樣,樣本通量帶來了數(shù)據(jù)量的挑戰(zhàn)。當(dāng)使用多種分析工具以不同格式生成不同類型的數(shù)據(jù)時(shí),這就變得更加具有挑戰(zhàn)性。這不僅需要在不同的孔板和孔之間移動(dòng)數(shù)據(jù),而且整個(gè)過程可能會(huì)延長(zhǎng)數(shù)月。在整個(gè)過程中,必須對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行追蹤,以確保進(jìn)入生產(chǎn)的任何細(xì)胞株都有必要的歷史數(shù)據(jù)(例如單克隆性的證明),并且為了報(bào)告需要,所有的數(shù)據(jù)都可以被方便地訪問。在這里,我們將描述在Biomek i7工作站上自動(dòng)化細(xì)胞株開發(fā)如何克服與此工作流程相關(guān)的許多數(shù)據(jù)挑戰(zhàn)。
Biomek i7工作站與三方設(shè)備整合一起被用于自動(dòng)化細(xì)胞株開發(fā)工作流程。
作為液體轉(zhuǎn)移步驟的一部分,Biomek軟件會(huì)自動(dòng)移動(dòng)數(shù)據(jù),因此數(shù)據(jù)可以隨著樣本移動(dòng)而并行移動(dòng)(圖4)。同時(shí),數(shù)據(jù)也可以存儲(chǔ)在DART數(shù)據(jù)庫(kù)中,未來任何時(shí)候掃描孔板條碼時(shí),相應(yīng)的數(shù)據(jù)都會(huì)被自動(dòng)檢索出來。DART提供了不同時(shí)間交互的方法之間的鏈接(圖4)——在諸如細(xì)胞株開發(fā)這樣的長(zhǎng)時(shí)間工作流程中,這是一個(gè)關(guān)鍵組件。
圖3:自動(dòng)化數(shù)據(jù)處理示意圖。
除開存儲(chǔ)和利用數(shù)據(jù),DART數(shù)據(jù)庫(kù)可以通過多種方便的方式訪問。為了以用戶友好的方式進(jìn)行快速可視化,可通過Chrome瀏覽器直接實(shí)時(shí)查看(圖6A),同時(shí)可以使用DART報(bào)告生成器在Excel中生成報(bào)告。
圖6:DART數(shù)據(jù)查看和報(bào)告。
在任何實(shí)驗(yàn)中產(chǎn)生的數(shù)據(jù)使實(shí)驗(yàn)有價(jià)值。數(shù)據(jù)處理中的任何錯(cuò)誤都可能消除這個(gè)價(jià)值,甚至可能將研究進(jìn)程推向錯(cuò)誤的方向。對(duì)于像細(xì)胞株開發(fā)這樣長(zhǎng)達(dá)數(shù)月的工作流程,數(shù)據(jù)丟失或錯(cuò)誤的風(fēng)險(xiǎn)更大,因此,確保數(shù)據(jù)完整性的工具至關(guān)重要。Biomek和DART軟件通過使數(shù)據(jù)完整性過程自動(dòng)化且易于獲取,可以為細(xì)胞株開發(fā)過程提供真正的價(jià)值。
想要了解更多關(guān)于數(shù)據(jù)處理方面的內(nèi)容,請(qǐng)?jiān)L問貝克曼庫(kù)爾特生命科學(xué)部!
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