關于氫鍵，論壇爭論多的在于不同筆者對氫鍵與分子間作用力從屬關系的爭論。

傳統(tǒng)定義，將分子間作用力定義為：“分子的偶極和瞬間偶極引起的弱靜電相互作用”。隨著研究的深入,發(fā)現(xiàn)了許多用現(xiàn)有分子間作用力的作用機理無法說明的現(xiàn)象。比如鹵鍵，有機汞鹵化物時觀察到分子內(nèi)原子與汞原子之間存在長距離弱的共價相互作用力，從而引入二級價鍵力(secondary valence forces)的概由于具有靜電性質(zhì)和定向性質(zhì)，氫鍵在分子形成晶體的堆積過程中有一定作用。尤其當體系中形成較多氫鍵時，通過氫鍵連接成網(wǎng)絡結(jié)構和多維結(jié)構在晶體工程學中有重要意義