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高通量自動(dòng)化篩選加速蛋白質(zhì)定向進(jìn)化

閱讀:879      發(fā)布時(shí)間:2020-6-4
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  進(jìn)化在自然界中每天都在發(fā)生,從未停止,由自然選擇壓力進(jìn)行篩選,往往需要漫長的時(shí)間。近代生物學(xué)的發(fā)展使人們認(rèn)識(shí)到蛋白質(zhì)進(jìn)化大多是由于某些點(diǎn)突變或修飾的積累而形成的。2018年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)獲得者弗朗西斯.阿諾德,其*提出了酶的定向進(jìn)化理論而獲此殊榮。
 
2018年諾貝爾化學(xué)獎(jiǎng)得主
 
  蛋白質(zhì)定向進(jìn)化技術(shù),被廣泛的應(yīng)用于酶分子改造,以改變酶分子的活性和催化效率,改善底物的選擇性、pH和溫度的耐受性等方面,也可以應(yīng)用于改善代謝途徑、優(yōu)化代謝網(wǎng)絡(luò)等,在蛋白質(zhì)工程、代謝工程和合成生物學(xué)領(lǐng)域都發(fā)揮了重要的作用。
 
  蛋白質(zhì)定向進(jìn)化策略
 
  根據(jù)原理的不同,可以主要分為三種策略,隨機(jī)進(jìn)化、理性進(jìn)化,和介于兩者之間的半理性進(jìn)化。這三種方式各有優(yōu)缺點(diǎn),其中隨機(jī)進(jìn)化的多樣性*,但樣本量巨大,篩選困難,常使用易錯(cuò)PCR、DNA Shuffling等技術(shù);理性進(jìn)化,借助于軟件建模,進(jìn)行分子對(duì)接等模擬實(shí)驗(yàn),減少了篩選的工作量,但往往得到的蛋白質(zhì)活性不高;半理性進(jìn)化,根據(jù)晶體結(jié)構(gòu)進(jìn)行同源建模,對(duì)特定位點(diǎn)進(jìn)行定點(diǎn)飽和突變的方式,縮小突變文庫,提高陽性突變率。
 
蛋白質(zhì)定向進(jìn)化策略及方法[1]
 
  除了理性設(shè)計(jì)突變外,其他兩種進(jìn)化策略所產(chǎn)生的突變庫都需要大量的篩選工作,依靠人工進(jìn)行篩選,每天重復(fù)性的機(jī)械操作讓實(shí)驗(yàn)員感到乏味,巨大的工作量和數(shù)據(jù)量讓項(xiàng)目經(jīng)理感到崩潰,時(shí)間和資金的耗費(fèi)讓老板難以面對(duì)。
 
  高通量自動(dòng)化篩選加速進(jìn)化過程
 
  想要快速從成千上萬的蛋白質(zhì)中篩選出陽性突變,短時(shí)間內(nèi)完成漫長的自然篩選過程,依靠人工篩選,需要耗費(fèi)大量人力,并且人員之間的操作誤差無法避免,無法實(shí)現(xiàn)標(biāo)準(zhǔn)化,導(dǎo)致結(jié)果無法*相互比對(duì),丟失一些陽性突變。
 
  以自動(dòng)化液體處理工作站為核心的自動(dòng)化系統(tǒng),逐漸成為酶定向進(jìn)化中對(duì)突變文庫進(jìn)行高通量篩選的*。自動(dòng)化系統(tǒng)可以實(shí)現(xiàn)突變文庫篩選的自動(dòng)化、高效化、標(biāo)準(zhǔn)化,提高實(shí)驗(yàn)通量及效率,縮短酶定向進(jìn)化過程的篩選周期。
 
  以大腸桿菌為表達(dá)宿主,隨機(jī)進(jìn)化的策略進(jìn)行酶定向進(jìn)化為例。
 
以大腸桿菌為宿主的酶定向進(jìn)化流程示意圖
 
  在上述流程中,主要以自動(dòng)化液體處理工作站為核心,進(jìn)行大量的液體處理,整合克隆挑選機(jī)器人解決人工挑選的限速步驟,以及培養(yǎng)箱、酶標(biāo)儀、離心機(jī)、封膜機(jī)、撕膜機(jī)等設(shè)備,協(xié)同配合自動(dòng)化完成整個(gè)流程。
 
Biomek i7自動(dòng)化液體處理工作站及Qpix系列高通量微生物克隆篩選系統(tǒng)
 
  隨著技術(shù)的不斷發(fā)展,流式細(xì)胞技術(shù)也被應(yīng)用于突變文庫的篩選之中,利用分選型流式細(xì)胞儀進(jìn)行突變文庫的初篩,不僅通量高、速度快,還可以根據(jù)熒光信號(hào)強(qiáng)度將細(xì)胞分選至96孔板、384孔板甚至是1536孔板中,進(jìn)行培養(yǎng)和第二輪篩選。
 
MoFlo Astrios EQ 超高速流式分選系統(tǒng)
 
  Beckman Coulter自動(dòng)化部門擁有豐富的整合經(jīng)驗(yàn)以及成熟的解決方案,為您量身定制屬于自己的高通量自動(dòng)化篩選系統(tǒng)。心動(dòng)不如行動(dòng),一起來設(shè)計(jì)屬于你的自動(dòng)化系統(tǒng)吧!
 
*本文涉及的內(nèi)容與產(chǎn)品僅用于科研和工業(yè),不用于臨床診斷。
 
  參考文獻(xiàn):
 
  王曉玥, 王白云, 王智文, 陳濤, 趙學(xué)明等. 蛋白質(zhì)定向進(jìn)化的研究進(jìn)展. 生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2015, 42(2): 123-131.
 
  往期回顧:
 
   實(shí)驗(yàn)室定制化整合系統(tǒng)
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   當(dāng)基因編輯遇上自動(dòng)化工作

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