前文說過了質(zhì)譜是怎么做到定量分析的，下面我們來看看具體的定量方法。常用的定量方法有兩種，外標法與內(nèi)標法。
1. 外標法
用已知量的標準樣品A和未知量的待測樣品A分別進行實驗；我們會得到以下三個信息：標準樣品的量（已知）；標準樣品的信號強度；待測樣品的信號強度。（假設樣品的響應=常數(shù)*濃度，從這三個信息即可算出待測樣品的量。）
為了更加精確地測定未知量的樣品，我們希望標準樣品的信號強度與待測樣品的信號強度盡量接近（以減少非線性響應的影響）。因此常用的外標法會測量一系列已知量的標準樣品，繪制一條工作曲線，再用擬合的方法確定未知樣的量。
2. 內(nèi)標法
外標法主要有以下兩方面的局限：1標樣和待測樣是獨立進行實驗的，實驗間的偶然誤差無法消除；2標樣和待測樣的基質(zhì)（即除待分析物外的其它成分）不同，基質(zhì)有可能會帶來不同的影響，也會產(chǎn)生誤差。
那么，如果我們把已知量的標準樣品B直接加入待測樣品A，就可以把標準樣品和未知樣品的測定在同一次實驗和同樣基質(zhì)中完成，也就消除了兩次實驗和基質(zhì)不同造成的誤差，這就是內(nèi)標法。
（如果加入的標準樣品和待測樣品是同種物質(zhì)A，那么由于它們不可區(qū)分，只通過一次實驗是不能定量待測樣的，這時我們在加入標樣前后分別進行兩次測量，即測量待測樣及待測樣+標樣的信號，即可計算出待測樣的量。）
質(zhì)譜相關的特殊定量細節(jié)
同位素稀釋
前面內(nèi)標法的介紹中我們可以發(fā)現(xiàn)，理想的內(nèi)標物既要和待測樣相同（具有相同的響應系數(shù)）又要不同（儀器可以區(qū)分二者的信號），這對矛盾的集合體就是同位素內(nèi)標。
由于不同同位素的化合物具有近似相同的物理化學性質(zhì)，離子化時的響應通常也是相同的，而它們具有不同的質(zhì)荷比m/z，即可在質(zhì)譜中被區(qū)分出來。因此同位素標準品是理想的內(nèi)標物。
另外，由于某些元素的天然同位素分布有一定的比例，當我們加入一定量的同位素內(nèi)標時，可以把對信號絕對強度的測量轉(zhuǎn)化為對信號相對比例的測量，從而提高實驗的準確性。
選擇反應監(jiān)測
在不太復雜的體系中，我們只要按照分子量就可以定性某種化合物了。但對于復雜混合物（如石油產(chǎn)品/生物樣品）而言，很多化合物具有相同或相近的質(zhì)量（同分異構體質(zhì)量*相同，有些化合物分子量非常接近，如CO和N2，要考慮儀器的質(zhì)量分辨率是否能區(qū)分二者），此時僅靠測量質(zhì)量就不能確定這個化合物是否就是我們關心的“the one"了。
在串聯(lián)質(zhì)譜 (Tandem MS) 儀器中，我們不僅可以把質(zhì)譜儀理解為一個稱量離子的“天平"，它還具有了離子“鑷子"（選擇某個特定的離子把它分離出來）和“剪刀"（把某個/某些離子激活并打成碎片）的功能。
通過母離子和子離子的兩步選擇，我們可以在復雜體系中精確定位到我們關心的化合物，同時，兩次離子選擇還可減少復雜基質(zhì)的干擾，降低背景噪聲（獲得更低的檢出限）并提高方法的動態(tài)范圍。因此選擇反應監(jiān)測是目前色譜（氣相色譜/液相色譜）-質(zhì)譜聯(lián)用中常用的定量方法。
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