細胞：過表達就是把基因上調表達，即該基因被過度的轉錄、翻譯，終基因表達產物超過正常水平。做過表達要比做干擾難度高一些，過表達需要表達出長鏈的 mRNA，這一點比較困難，而干擾只需表達出短片段的 shRNA 即可。

一般情況下，如果本身就是高表達，你再做過表達就比較困難，某種程度上干擾更為重要，想說明一個基因對于一個事件是必須的，只有把它拿掉，事件終止（或程度減弱），才比較有說服力。但是，如果你的基因在細胞中基礎表達本身就不高的話，還是有必要來選擇過表達實驗來對其表型進行驗證的，否則實驗會受到質疑。

關于下調基因表達，一般來說干擾穩(wěn)轉株能滿足實驗所需。但是，干擾穩(wěn)轉株不能控制 shRNA 插入染色體的位置，染色體上的 shRNA 有時會丟失，另外 shRNA 也有脫靶效應，可能干擾了其他未知基因。還有就是，shRNA 是與目的基因的 mRNA 作用而使之降解，是在 RNA 水平上的降低目的基因的表達。

此時，基因敲除穩(wěn)轉株可以很大程度上規(guī)避這個問題。因為基因敲除穩(wěn)轉株是在基因組水平上通過基因序列的改變使其基因功能喪失，在敲除細胞中通常不會檢測到靶蛋白的表達，而且敲除效果穩(wěn)定，不能恢復，也就是yong久性敲除了。但是基因敲除穩(wěn)轉株缺點是操作周期長，費用多，效率低。如何選擇基因下調表達的方式，就要綜合考慮了。

那么同樣是穩(wěn)定株，單克隆？混合克??？要怎么選？

細胞：當需要去除細胞群體干擾因素的時候，*使用單克隆穩(wěn)定細胞株，其基因組背景相對單一，對實驗結果干擾因素小。當進行系統(tǒng)生物學研究時，需考慮細胞群體因素，同時也是由于不同細胞個體差異大，而且不同整合位點的單克隆細胞株表現(xiàn)出來的細胞行為可能不一致，所以許多實驗使用混合克隆株更能去除細胞間差異造成的干擾。因此，選擇單克隆細胞株還是混合克隆細胞株，需要根據(jù)實驗目的而定。

好極了，怎么判別篩選的穩(wěn)定株是單克隆呢？

細胞：如果外源片段含有熒光標記，可以直接使用流式細胞儀檢測其熒光是否均一；如果還有其它標簽，可以進行免疫熒光標記，再使用流式細胞儀觀察熒光分布是否出現(xiàn)均一峰值；

如果外源片段不含任何標簽或者熒光標記，則可以使用分子生物學比如 Southern Blot 的方法鑒定； 還可使用 96 孔板稀釋法篩選，得到的陽性克隆一般是單克隆。